2022-05-24
 
CT 分析软件产品评论:ORS 的 Dragonfly
2022年05月24日   阅读量:486

在我们用于分析实验室 CT 扫描的各种分析工具中,Dragonfly 是我每天使用的一种。在本文中,我将解决客户在考虑将 Dragonfly 作为他们选择的分析软件时经常问我的以下问题。

CT 分析软件产品评论:ORS 的 Dragonfly 中国化工网,okmart.com

蜻蜓软件有什么用?- 概述

蜻蜓的优缺点是什么?

蜻蜓多少钱?

有哪些类型的许可证可用?

对电脑有什么要求?

我怎样才能学会使用蜻蜓?

如何尝试蜻蜓?

蜻蜓适合我吗?

什么是蜻蜓软件?- 概述

蜻蜓标志与公司名称

CT 分析软件产品评论:ORS 的 Dragonfly 中国化工网,okmart.com

Dragonfly是由Object Research Systems (ORS) 开发和分发的科学图像处理软件平台中国化工网okmart.com。Dragonfly 可以处理 CT 图像以提取有关各种物体和材料的定量信息。除了 CT,它还可以处理各种 2D/3D/4D 科学图像,包括来自相关和高光谱成像系统、SEM、FIB-SEM、离子束和共聚焦显微镜的数据。


Dragonfly 可以处理材料和生命科学研究所需的大部分 CT 图像分析任务。典型的分析过程如下所示,Dragonfly 涵盖了所有内容:


加载图像堆栈,通常为 TIFF 格式。

如有必要,对图像进行处理以调整文件大小、降低噪点、增强对比度等。

例如,将图像分割成多个相,例如聚合物、空隙和夹杂物。

对每个对象进行分离和索引,例如多个空洞的分水岭变换。

对每个物体的相体积分数和大小、形状、取向等进行定量分析。

生成用于报告的高分辨率图像、视频、定量测量图等。 

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Dragonfly 具有数百个功能,但这里有一些最常用的功能:(请参阅完整功能列表。)  


主要标准功能包括:

数据处理和可视化

以各种格式导入图像堆栈,包括 TIFF 和 DICOM。

数据转换,包括裁剪、拼接、下采样/上采样

在任意方向和位置可视化 3D CT 横截面

使用可定制的 LUT(查找表)、照明、相机设置、表面纹理等对原始 CT 图像和分段体积进行复杂的 3D 渲染。

使用同步视图设置比较多个数据集

注释和尺寸测量

图像处理滤镜

各种降噪和对比度增强滤镜

环神器减少

图像分割

易于使用的机器学习分割

交互式阈值、分区、直方图和自动对象分割

用于手动分割的各种画笔模式

ROI(感兴趣区域)细化工具

对象分离

通过研究ROI 中的连接体素进行对象分离

通过分水岭变换进行对象分离

量化和测量

对具有参数的对象进行分类、分类和测量,例如大小、形状、纵横比、方向、位置、强度等。

基于ROI和表面网格的壁厚分析

孔隙网络建模和Open PNM扩展

自动化

录制、编辑和运行宏

访问 Python 控制台以编写例程操作脚本

报告

导出图像堆栈、ROI 和定量分析结果

生成高分辨率 2D 和 3D 渲染图像

创建 2D 和 3D 渲染视频

可选模块包括:

重建

深度学习图像分割

深度学习图像处理,例如超分辨率

骨骼分析

蜻蜓的优缺点是什么?

利弊

优点

蜻蜓易于使用。考虑到您可以使用此工具运行各种各样的图像处理和分析,学习过程相对轻松。学习或尝试学习过5大商业CT图像分析软件平台,目前为止最容易学习的就是Dragonfly。

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Dragonfly 易于学习的三个原因。首先,界面友好且直观,所有工具都可见。很少有东西隐藏在深层菜单和选项卡后面。其次,有大量的教程视频、网络研讨会和知识库可供使用。最后,强大而简单的深度学习分割工具使对具有挑战性的图像的痛苦分割变得相当容易,而且我敢说是令人愉快的。


易于使用的用户界面

让我们看一下界面。当您看到它时,您可能会对可见的工具数量感到不知所措。然而,让它们全部可见比让它们中的许多隐藏在菜单项和选项卡后面更容易。对于后一种类型的界面,问题在于您需要了解可用的工具以及可以在软件中的何处访问它们。


如果所有工具都可见,您可以查看可用的内容。另外,在 Dragonfly 中,您可以移动这些工具并将您经常使用的工具保留在顶部,或者您可以根据需要在左右面板上对它们进行分类。然后,您可以保存各个用户的布局。

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设置工作区后,您无需寻找经常使用的工具。这很有道理。该软件可以做数百种不同的事情来满足各种各样的分析需求,但您可能并不需要所有这些。因此,在界面顶部保持常用工具可见的能力使您的日常任务变得轻松。

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蜻蜓敏 (1)


广泛的教程视频和网络研讨会

接下来让我们回顾一下教程和网络研讨会。有 30 多个分步教程视频 ,用于按类别分类的各个图像处理任务。这些包括用于图像分割、定量分析、报告等的教程视频。当我想学习特定任务或参考我可能不记得如何使用的任务时,我会使用这些视频。知识库还有助于回答常见问题。


如果您想以更系统的方式学习 Dragonfly,您可以观看一系列 39 集的网络研讨会 ,涵盖安装、图像处理、分割、定量分析、宏脚本等。在 2020 年的封锁期间,我和我的同事安吉拉每天早上都会观看这个网络研讨会系列,并学到了很多东西。我仍然回去观看其中一些以刷新我的记忆。


要深入挖掘,您还可以观看开发者视频或加入Dragonfly 论坛。


分段向导

Dragonfly 易于使用的第三个原因是其强大的深度学习分割工具。“分割向导”将引导您完成深度学习图像分割的训练、评估、细化和最终执行。最重要的是,您无需了解这些基于人工智能的分割算法如何工作即可使用它们。


如图所示,您可以通过手动绘制图像的一小部分来从最少的训练数据输入开始。然后,运行快速训练并选择表现最佳的机器学习算法,在本例中为随机森林 1。


接下来,您可以通过让 Random Forest 1 预测结果并手动更正预测结果来生成更多训练数据。现在你有足够的训练数据来训练一些深度学习网络。一旦你看到深度学习训练的结果,选择表现最好的一个,在这种情况下是 U-Net,并将分割应用于整个堆栈。就是这样。


深度学习过程-min


如果您熟悉深度学习优化,您可以自定义详细设置或加载自己的网络。下面是一个 U-Net 网络的编辑界面示例。


网络编辑


Dragonfly 提供的其他出色工具是用于训练机器学习和深度学习模型的各种画笔选项。要准备训练数据集,您通常必须通过绘制不同的阶段来手动分割图像的一部分。


如下图所示,有很多不同的 ROI 绘制工具。例如,您可以通过快捷键轻松调整画笔的大小和功能。您可以使用灰度阈值过滤器、智能网格等,来简化和加快绘画过程。


画笔工具-min





Dragonfly 的另一个好处是免费的非商业许可。如果您的研究是非商业性的,您可以免费使用 Dragonfly,包括所有可选模块。我认识许多学生,他们的研究项目因获得此免费许可证而得救。


缺点

Dragonfly 的计量和尺寸分析能力有限。虽然它支持ISO-50 表面确定,但高级计量功能,如坐标配准、GD&T 分析、名义与实际比较、体积网格导出等不可用。


22.1 版引入了仿真和建模工具。看到新工具令人兴奋,我相信还会有更多。然而,这些工具仍然是新的,它们可能需要一段时间才能成熟并证明自己与实验结果相匹配。


蜻蜓多少钱?

Dragonfly 的成本取决于许可证类型和选项配置。确切的 Dragonfly 定价尚未公布,但与其他商业软件相比,它相对便宜。


有哪些类型的许可证可用?

提供永久、年度、非商业和云许可证。您可以在他们的网站上查看他们的许可证说明。


ORS 最近发布了一个企业解决方案VizServer,它允许您设置服务器并从任何地方访问它。任何设备,包括 Windows、Linux、Mac OS 和 Chrome OS,都可以用作运行 Dragonfly 的工作站。您无需在实验室即可处理 CT 图像。您可以开始一个会话,让它在服务器上运行,稍后在您的笔记本电脑上检查进度,即使您在旅行时也是如此。


系统要求是什么?

你不需要超级计算机,但 Dragonfly 不会在 5 年、800 美元的笔记本电脑上运行。因此,让我们检查一下系统要求。


以下是制造商列出的官方推荐系统要求的摘要。要了解更多详细信息,请访问他们的系统要求页面或联系 ORS 支持。


64 位 Windows 7、64 位 Windows 8 或 8.1、64 位 Windows 10。

64 位 Linux 操作系统,从 Ubuntu 18.04 开始。

具有至少 6 GB VRAMa 的专用 GPU 显卡。

(注意:不支持板载 Intel 图形单元,因为它们不完全符合最新的 OpenGL 标准。)

支持 OpenGL 4.3 或更高版本。

32+ GB 的 RAM(计划拥有 4 倍于您需要处理的最大扫描的 RAM)。

2.4 GHz 或更快的 Intel 4 核 Xeon 或 i7 CPU(或 AMD 同等产品)。

2 TB 本地硬盘存储空间。


深度学习需要更高的性能:

具有 3.5 或更高 CUDA 计算能力和至少 6 GB 显存的专用 NVIDIA GPU 显卡。

(重要提示:从 Dragonfly 版本 2021.3 开始,深度学习支持 NVIDIA GeForce RTX 30xx 卡。早期版本仅支持这些卡进行渲染,不支持深度学习。)


(注意我们推荐的所有 GPU 都具有所需的 CUDA 功能。您也可以访问https://developer.nvidia.com/cuda-gpus以检查您的 NVIDIA GPU 是否支持 CUDA。)


32+ GB 的 RAM(计划拥有至少 4 倍于您需要处理的最大扫描的 RAM)。

带有 AVX 扩展的 2.4 GHz 或更快的 Intel 4 核 Xeon 或 i7 CPU(或 AMD 同等产品)。(支持 AVX 的 Intel 和 AMD CPU 列表)

2+ TB 的本地硬盘存储空间。

一些笔记本电脑可以满足这些要求。但是,请注意,这些是一般性建议。为了轻松地分析几到几十 GB 大小的图像,我建议使用具有 128 GB RAM 和 8-12 TB 硬盘驱动器的工作站。


阅读:我应该如何管理断层扫描数据?  


我怎样才能学会使用蜻蜓?

学习软件


Object Research Systems 提供面对面和基于网络的培训。如果您负担得起,私人培训课程是快速学习如何使用 Dragonfly 的理想方式。但是,如果您可以花一些时间,我相信您可以通过使用他们的教程和网络研讨会来训练自己。


如何尝试蜻蜓?

ORS 为 Dragonfly 软件提供30 天免费试用。我建议您获得试用许可证并进行试驾。但是,请记住,您需要一台满足其系统要求的计算机才能使用试用许可证,并且需要花费一些时间来学习如何使用该工具。


蜻蜓适合我吗?

如果您从未使用过任何其他软件进行科学图像处理,并且您在材料和生命科学研究领域,那么 Dragonfly 很可能最适合您。


如果您需要用于严格尺寸分析的计量工具,Dragonfly 可能不适合您。或者,您可能正在寻找详细的模拟和预测工具来代替过滤、数字岩石、电池等实验。在这种情况下,您可以使用 Dragonfly 进行分割,并结合一些新的模拟和建模工具。但是,如果您想要一个经过许多用户测试并证明与实验相匹配的仿真工具,您可能需要一个更成熟的仿真工具。


如果 Dragonfly 不适合您,您可以查看此博客文章中的其他软件。


有许多不同的软件工具可供使用,为您选择最佳的 CT 分析软件可能是一个令人困惑的过程。如果您不确定 Dragonfly 是否是适合您的软件包,或者想知道有哪些可用的替代方案,我们的应用科学家团队可以帮助您选择适合您研究需求的工具。您可以通过单击页面右上角的“与专家交谈”按钮与我们的一位 CT 专家交谈,或通过i maging@rigaku.com向我们发送消息。


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